一、實驗室簡介

PI簡介

孫開元博士于2018年獲得美國東北大學物理學博士學位，師從復雜系統與傳染病建模交叉領域的Alessandro Vespignani教授，博士期間專注于多尺度復雜系統理論及其在傳染病動力學中的應用。博士畢業后，在美國國立衛生研究院福格提國際中心（Fogarty International Center）擔任博士后（導師：Cécile Viboud）及研究科學家，系統開展呼吸道病毒（包括流感病毒、SARS-CoV-2和RSV）的傳播動力學、免疫保護機制、跨尺度傳播建模與疫情防控策略研究。其代表性成果發表于《Science》《Nature Medicine》《Science Translational Medicine》《The Lancet Digital Health》等期刊。孫開元博士計劃于2026年2月加入西湖大學應急醫學中心，任研究員、助理教授，并兼聘于西湖大學交叉科學中心。

實驗室方向

多尺度宿主-病原動力學實驗室致力于利用數學與計算模型，系統揭示感染性疾病，特別是呼吸道病毒的跨尺度傳播與免疫機制，搭建從分子、個體到人群層面的系統建模框架。實驗室結合數理建模、流行病學、生物信息學與免疫學的方法，探索病毒進化、免疫保護與疾病傳播之間的動態關系。

核心研究方向包括：

呼吸道病毒免疫保護指標（Correlates of Protection, CoPs）建模： 結合血清學、流行病學與臨床數據，識別感染與傳播防護相關的免疫標志物，助力疫苗設計與評估。系統探索免疫記憶、抗原進化與免疫印記等復雜免疫現象的動力學規律，為新一代疫苗開發提供理論支撐與方法依據。

跨尺度感染、免疫與傳播動力學機制研究：構建多尺度數學與計算模型，連接個體內病毒復制與免疫應答過程至人群層面的傳播與演化動力學，解析病原體適應性演變、抗原漂移與免疫印記等關鍵過程。

疫情干預策略的建模與人工智能交叉研究：基于高質量流行病學與行為學數據，構建數據驅動的動態建模平臺，系統量化疫苗接種、非藥物干預、個體反應性行為（reactive behavior）等多因素對疫情傳播動態的多尺度影響。進一步，融合博弈論與多智能體強化學習方法，創新探索疫情響應策略的智能模擬與自適應優化，突破傳統建模與決策體系的局限，顯著提升傳染病預測、干預設計與資源配置的智能化水平，為公共衛生政策制定提供更具前瞻性、科學性與適應性的決策支持。

蛋白質語言模型在基因組流行病學與毒株預測中的應用：應用蛋白質語言模型與分子進化分析方法，預測病毒適應性變異，促進分子演化機制與宏觀傳播動力學模型的融合，提升對病毒傳播與演化趨勢的前瞻性理解。

傳染病大流行預警與預測平臺開發：集成流行病學監測數據、病原體基因組數據與人群行為數據，開發動態風險評估與趨勢預測系統，實現對潛在大流行病原的早期識別、傳播動態監測及智能預警，支撐全球健康安全與應急響應體系建設。

二、招聘崗位及條件

1.招聘崗位：博士后（2-3名）

2.任職條件：

（1）獨立開展課題研究；

（2）協助培養實驗室學生及科研助理；

（3）撰寫研究論文、綜述；

（4）參與基金項目申請以及學術交流。

3.要求：

（1）年齡不超過35周歲；已取得或即將取得博士學位；

（2）需符合以下至少一個方向：

方向1（基因組流行病學）：

具有生物信息學、基因組學、流行病學、微生物學、計算生物學等相關學科的研究背景。熟練掌握BEAST、Nextstrain、IQ-TREE等主流分析工具，熟悉病毒序列數據庫（如GISAID、NCBISRA、CNGB等）。

具有以下研究興趣者將優先考慮：

1）利用蛋白質語言模型進行病毒進化路徑預測；

2）探索將分子流行病學與傳染病動力學模型融合的方法，以推動對病毒傳播和演化機制的深入理解。

方向2（理論/計算免疫學）：

具有理論物理、應用數學、計算生物學或相關學科背景的博士后研究員。需具備定量生物學建模的研究經驗，能夠運用數學模型和計算方法開展免疫系統相關機制的探索。

我們優先考慮對以下研究方向感興趣的申請者：

1）利用理論建模揭示機體針對病原體的免疫應答規律；

2）構建和分析跨尺度的免疫動力學模型，以理解免疫記憶、免疫印跡或群體免疫建立過程中的關鍵機制。

歡迎具備扎實數理基礎、對生物系統建模充滿熱情、并愿意在交叉學科環境中開展開創性研究的博士加入團隊。

三、薪酬待遇

1.根據個人科研工作能力提供具有市場競爭力的薪酬，具體面議。實驗室將提供穩定的工作環境與一流的研究平臺，協助申報博士后相關項目等。

2.學校可協助辦理落戶、協助對接子女的入學入托服務工作。

3.學校提供全方位培養體系，設立“西湖大學優秀博士后”“西湖優秀女性博士后獎”等項目。

四、資助政策

1.博士后可享受杭州市在站博士后資助政策。

2.對獲得中國博士后科學基金資助和浙江省博士后擇優項目資助的，杭州市給予1:1配套資助。

3.對出站留杭（來杭）工作的博士后，杭州市給予每人40萬元補助。

4.對來杭工作符合條件的全球本科及以上學歷應屆畢業生（含畢業5年內的回國留學人員、外國人才），杭州市發放生活補貼，其中博士10萬元。

5.可申請認定杭州市高層次人才，并享受相應政策。

五、應聘方式

請將以下材料以PDF形式發送至sunkaiyuan@westlake.edu.cn郵箱，郵件標題請注明：“應聘博士后+本人姓名 ”，對于符合要求并通過初審者，將會通知安排面試。招聘啟事在崗位招滿前有效。 

1.個人簡歷；

2.2位同行專家的推薦信；

3.博士學歷學位證明材料。

為防止簡歷投遞丟失請抄送一份至：boshijob@126.com（郵件標題格式：應聘職位名稱+姓名+學歷+專業+中國博士人才網）