1）知識產權問題
研究所技術進入項目公司的二種方式，要么技術作價入股，要么技術許可。目前研究所在技術估值上有些浮躁，不管何種技術，市場如何，凡說到估值，少則認為五、八百萬，多則二、三千萬，對于投資本不大（千萬以內）的項目公司來說，不適合高作價入股。技術許可相對來說能比較快解決問題，能讓項目公司小步快跑，但一個關鍵問題是如何解決好公司后續自主研發與授權技術之間的關系問題，避免存在法律風險。
2）研究所技術團隊的技術認知問題
目前院所技術人員一個通病是對自身技術在整個產業化過程中的作用拔得太高，而實際上從技術---樣品或樣機---標準化地批量產品，單純說技術的話，可能只走了30%-40%的路程，后來還有大量的路要走：
a�？蛻粼囉眠^程中，往往有很多我們沒有想到的問題或缺陷，環境適應性問題、兼容性問題、易用性問題等等。
b。量產穩定性問題
c。性價比問題，當科研人員把項目僅當成一個一次性成果時，強調品質，強調高指標，在材料選擇、產品結構設計、生產工藝上有時可以說是不計成本，而市場產品通常強調性價比，強調最合適的指標以最優的價格銷售，因此，項目公司成立之后在生產環節往往需要花大量時間精力，而不能簡單沿用研究所生產樣機的方式。
正因為單純對技術認知太高，會忽視產品化其他環節，以及營銷、客戶服務、企業管理等方面的重要作用，使得研究所技術團隊與項目公司其他部門配合重視度不夠，認為“東西做出來了”，項目公司只管賣就可以了，賣不出去就是公司的能力問題。不接受或不承認自己的技術和產品還不成熟，還不是真正的產品。
這類問題，如果項目公司管理層不能有效進行協調、溝通、解決，合作方最終必定走不到一起。
3）研究所核心技術團隊激勵問題
所有企業的成與敗，歸根到底是人的因素，好的團隊可以把二流的技術、二流的市場做成一流的企業，差的團隊能把一流的技術、一流的市場做成失敗的企業。項目公司成立的相當一段時期內，研究所原始技術團隊必須與公司緊密合作，甚至加班加點：完善技術、調試產品、客戶演示、新產品設計開發等等，積極性何在？除了成就感之外，必須解決他們與公司利益捆綁問題，自己覺得有些奔頭或吸引力，否則說破天，效果也有限，這是人性問題。
目前存在的問題是，研究所如何平衡這些人與所內其他人的利益問題，從公司賺多了，會不會影響他所里的獎金績效，會不會影響他正常的職業發展等等。
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